Основна мета діяльності – зниження рівня загроз інформаційній безпеці в локальній мережі НАУ та мережі Інтернет. Враховуючи це, NAU-CERT сприяє українським і закордонним юридичним та фізичним особам при виявленні, запобіганні і блокуванні протиправних дій.

NAU-CERT здійснює збір, зберігання і обробку статистичних даних, пов'язаних з поширенням шкідливих програм і реалізацією мережевих кібератак.

Діючи в рамках нормативно-правової бази Україна, NAU-CERT не уповноважена займатися вирішенням питань, що знаходяться у компетенції правоохоронних органів. У таких випадках необхідно звертатися в регіональні підрозділи СБУ і МВС України.